是的，中级经济师考试允许考生在连续的两个考试年度内分别通过两门科目。具体来说：
考生可以在第一年通过《经济基础知识》或《专业知识和实务》中的一门科目。
这门通过科目的成绩可以保留一年。
在第二年，考生需要通过另一门科目。
考生必须在两个考试年度内通过所有考试科目，并且每门科目成绩需大于等于84分，才能获得中级经济师资格证书。
因此，考生完全可以选择先考一门科目，然后在接下来的两年内完成另一门科目的考试
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